Salainen valtakunta on animaatioseikkailu, jossa intohimoisesti luontoa tutkivan biologi-isän teinityttö joutuu hurjaan taikapyörteeseen ja tupsahtaa kutistuneena keskelle metsän salaista valtakuntaa. Eikä valtakunnassa suinkaan ole kaikki hyvin, vaan siellä käydään armotonta taistelua hyvän ja pahan välillä. Hyvikset näkevät luonnon kauneuden ja arvon, ja pyrkivät säilyttämään sen.